TCGA数据库改版下载的数据变了只有STAR–Counts
时间:2022-04-03 来源:生信自学网 作者:伏泽
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| TCGA数据库改版下载的数据变了只有STAR – Counts没有看到FPKM 2022年3月底，跟往常一样，输入TCGA gdc的网址：https://portal.gdc.cancer.gov/ 选择菜单栏的Repository，进入数据选择页面 首先选择肿瘤类型，选到Cases，“Program”选择TCGA，“Project”选择自己研究的肿瘤类型，比如这里选择TCGA-STAD（也就是经常用到的胃癌）  接下来选择文件类型Files，“Data Category”选择转录本“transcriptome profiling”，“Data Type”选择Gene Expression Quantification，接下来到了选择“Workfolw Type”，现在只有一个选项，就是STAR – Counts。  之前的界面是有三个选择的  讲过测试，STAR – Counts里面的数据是改变了，所以方法也需要改变，提取symbol.txt的方法相继也需要改变的。 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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