生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

进入DCSC数据库

一、点击Compound，进入所有药物的界面

Name：名字

Synonyms：别名

Targets：作用的靶标

Targets pathway：靶标的pathway

PubCHEM ID：PubCHEM数据库ID

sample size：样品的大小

二、我们以第一个药物为例，继续操作，点击进去，就可以得到IC50的图示

Number of cell lines screened：细胞系的数目

Maxlmum IC50（uM）：最大的IC50

Geometric mean（uM）：中位值

Minimum IC50（uM）：最小的IC50

Min screening concentration（uM）：最小的用药浓度

Max screening concentration（uM）：最大的用药浓度

这张表和上面IC50是对应的，每个细胞系对应的IC50值，表格的下面，可以选择到处到本地，选择自己需要保存的格式。

三、点击Volcano Plot可以得到火山图

横坐标：效应值

纵坐标：P值

圆圈大小：代表样品的数目，圆圈越大，说明样品的数目越大

圆圈的颜色：绿色代表突变会提高药物的敏感性，红色代表突变会提高药物的耐药性

表里有颜色标注代表有统计学意义，这里的筛选条件是FDR小于0.2，也就是20%

四、点击Scatter plots得到散点图

默认显示FDR最显著的，BRAF突变和野生型的对比。也可以点击Select Feature选择其他细胞系

右边是癌症类型，默认显示所有癌症的IC50，也可以自己选择对应的癌症，比如BRCA

MWW p value就代表了重要性参数

如果需要选择其他药物对癌症的影响，那么从第二步选择研究的药物，再一步一步到最后选择对象的癌症类型，就可以得到火山图和散点图。