生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

如何结合GEO和TCGA快速发文癌症甲基化

GEO数据库结合TCGA数据库，甲基化快速发文，看看SCI是如何操作发文的...

多个GEO数据联合分析

上次推文Cox风险模型之后，有很多学员问到ceRNA、多个GEO数据联合TCGA分析、甲基化与基因联合分析的分析思路，我们在之前发文的基础上，给大家总结思路，希望对大家有帮助，当然最...

甲基化数据也能做免疫细胞浸润模式了

号外号外，甲基化芯片数据也能分析免疫浸润模式了。 您在分析甲基化芯片数据的时候，是否觉得写文章图表太少，是否觉得新意还不够，那我们生信自学网的这个文章您值得一看了。...

单细胞测序scRNA-seq数据下载【生信分析】

如何从GEO数据库下载单细胞测序数据，单细胞测序数据也可以做生信分析，如果你有单细胞测序的实验数据，整理好矩阵，也可以自己分析，方法，方法很重要。...

单细胞测序数据整理PCA TSNE聚类得到marker基因

前面我们给大家介绍了如何从GEO数据库下载单细胞测序（scRNA）的数据，接下来，生信自学网给大家简单重现一下数据整理以及后续的分析....

单细胞测序技术发展|原理|应用

近几年来，单细胞测序技术发展迅速，与传统测序方法相比起来，其对解决生物材料的低获取量和生物异质性等问题尤为重要。凭借这一技术，研究者们可在单细胞水平上面研究生物进...

快速解决GEO芯片样本少的问题

做GEO数据分析的时候，你是否因为样本量太少苦恼呢？ 做共表达网络的时候，是否因为样品少图形看起来很low呢？ 学员反映的这些问题，我们老师很快给出了明确回复。...

GEO芯片分析思路探讨

利用Ｒ软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等Ｒ软件包进行数据挖掘及生物信息学分析。DAVID在线工具做GO功能分析，在GeneMANIA数据库做进一步研究。...

Ensembl Gene ID转换成gene symbol ID

基因ID种类很多，很多时候数据库下载的基因ID并不是symbol ID，那么就需要做个转换，当然不采用手工这种模式，需要使用程序自动转换，一个矩阵就有4-6万行记录。...

NCBI表达谱芯片常用研究方法

NCBI数据库可以下载大部分GEO表达谱芯片数据，一个简单实用的研究思路非常重要，安装可操作的思路，结合自己的研究方向，可以得到不错的分析结果。...