在cytoscape3.0版本以后,集成了NetworkAnalyzer工具,这个工具可以方便的计算常用的拓扑属性。...
Hub基因通常都是具有代表性的一些基因,如何从众多基因集中找出它的真身呢?今天我们给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。 ...
上一篇文章我们向大家介绍了免疫相关性分析的第一种方法,这一次我们要讲解免疫细胞相关性分析的第二种方法,也就是相关性检验的方法。...
们已经得到了每个样品中免疫细胞的含量,接下来我们就可以对这个免疫细胞浸润的结果进行可视化,然后对免疫细胞进行差异分析。...
通过GSEA富集分析,我们就可以知道我们基因它是通过什么样的功能,或者什么样的通路来影响肿瘤的发生。然后我们就可以对GSEA富集的结果的结果进行可视化,绘制多GSEA的富集图。...
我们这次要讲解的是GSEA富集分析。GSEA是一个计算的方法,用来确定是否一个预先定义的基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。...
接下来我们要讲解单基因的生存分析,目的就是看一下我们的基因是否跟预后相关。做完生存分析后,我们就要做单基因的临床相关性分析....
我们已经找到了预后相关的核心基因,之后,我们可以用我们的得到的预后相关的核心基因进行后续的单基因的套路分析,我们首先可以做单基因的差异分析。...
我们已经得到了Cox分析需要的输入文件,接下来我们就可以进行Cox分析,接下来我们就可以将蛋白互作网络的核心基因和预后相关的基因取交集,得到预后相关的核心基因。...
GSEA是一种基于基因集的富集分析方法,在对基因表达数据分析时,首先确定分析的目的,即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析...