生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

ArrayExpressArchive of Functional Genomics Data stores data from high-throughput functionalgenomics experiments, and provides these data for reuse to the researchcommunity.

ArrayExpress与Geo数据库类似，里面都存储这大量芯片表达数据，对于数据库挖掘的学员来说，ArrayExpress是一个不可或缺的数据库。生信自学网应学员的要求，录制了ArrayExpress数据库挖掘的视频。视频主要从以下几个方面录制讲解ArrayExpress数据库的挖掘，首先，我们会讲解如何从ArrayExpress数据库下载数据，大家通过网页和R包下载ArrayExpress数据。

接下来，生信自学网针对三种不同的数据，采用三种不同的方法进行分析。A，对于下载数据已经包含探针矩阵的，我们利用平台文件将探针矩阵转换为基因矩阵。B，对于下载的数据是单个的表达文件，我们先将单个表达文件合并成探针矩阵，然后在转换为基因矩阵。C，对于下载的数据是原始数据的，我们首先用R包将原始数据转换为探针矩阵，然后在转换为基因矩阵。

通过以上几种方法得到了基因矩阵以后，我们对样品进行分组，将正常样品放前面，肿瘤样品放后面，然后做差异分析。得到差异基因以后，我们就可以做功能和通路分析，这些都是常见的分析了。

下面我们看看课程的主要步骤和常见的图形：



购买课程
您还可以参与本周其他课程的团购活动
《共表达网络构建》原价200元 团购价35元
《GEO/TCGA/Oncomine数据库入门课程》 原价600元 团购价69元