生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

通过前面的生存分析过滤之后，我们就得到了符合条件的一个新的矩阵，矩阵内的基因KM分析和Cox分析的P值都是小于0.001的，接下来我们做独立预后分析过滤

也就是看这些跟生存相关的基因哪些可以作为独立预后的因子，可以作为独立预后因子的基因，对我们的临床是非常有意义的，说明这些基因可以独立于其他的临床性状作为一个独立的预后因子。

结果解读

基因名称，HR值：HR值大于1，说明该基因是高风险基因，该基因表达越高，生存越低；HR值得95% CI，pvalue：P小于0.05说明这个基因可以作为独立的预后因子，P大于0.05说明该基因不能作为独立的预后因子。

接下来我们看下独立预后过滤用到的输入数据：

1、生存显著相关的基因文件，这个文件是前面km和cox分析得到的基因表达

 

2、因为是做临床相关，所以这里我们需要准备好临床数据文件，因为做独立预后分析，需要所有的临床都是数值，所以我们要对自己的临床做整理，分类是自定义为：0、1、2等数字，这样整理好之后，就可以做独立预后分析。这里需要注意的是，NA需要删除，连续变量的话，需要划一个标准，比如年龄，可以以40为标准，或者65为标准，大于等于65的为0，小于65的为1，当然这些都需要用文件记录下来，后期写文章需要备注。

 

接下来就可以用R做分析，得到结果之后，我们可以设定一个筛选条件，主要看结果，比如设定P小于0.001作为筛选条件，把符合条件的基因。
 

同时我们会输出另外一个文件，作为后续分析的输入文件，做了独立预后过滤，我们后面还会做其他过滤。这个文件和前面的文件格式是一样的，只是现在的基因是经过了新的过滤的基因，也就是独立预后分析p小于0.001的基因。

是不是很强大，很欢喜，后面还有几层过滤的，单基因过滤就选生信自学网课程
后面我们会介绍其他几个步骤

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