TCPA数据库临床数据下载和xml临床数据提取
时间:2020-01-29 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| TCPA数据库临床数据下载 因为TCPA和TCGA数据库样本是一致的，所以我们可以通过TCGA官网下载样本的临床数据，用于TCPA数据的后续分析 1、打开浏览器，输入TCGA官网TCGA GDC的官网网址：https://portal.gdc.cancer.gov 进入数据库页面，首先看右上角Cart，如果Cart不为0，说明有用过，需要把之前的数据清理掉，如果是0，可以进入下一步，点击“Repository”进入数据页面  2、在数据选择页面，首先选择左边菜单栏的“Cases”菜单 “Primary Site”选择研究的部位，比如胃：stomach  “Program”选择TCGA  “Project”选择TCGA-STAD  下面的其他项目可以根据自己需求选择，一般不做选择 然后进入“Files”菜单 “Data Category”选择：clinical “Data Format”选择：bcr xml 其他无需选择，回到页面中间，点击“Add All Files to Cart”，这样的话，我们就把需要下载的数据放到Cart里面  点击右上角的Cart菜单，就可以进入数据下载页面  进入Cart页面，找到Download菜单，点击出现Manifest和Cart，点击Cart就可以下载数据了，下载下来的数据是一个样本一个xml文件，接下来就需要把这些xml文件整理成我们需要的临床文件  提取临床数据，用到的是perl软件，脚本是生信自学网原创的getClinical.pl脚本 进入cmd终端，cd进入数据所在的文件夹，然后输入命令：perl getClinical.pl 结果就出现在数据所在的文件夹，临床数据提取好了就可以用于后续的分析  精品课程推荐： 《中药复方网络药理学联合GEO》 《单细胞测序分析》 《TCGA单基因发文套路挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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