TCPA蛋白数据库独立预后分析
时间:2020-02-02 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| TCPA蛋白数据库独立预后分析 独立预后分析的目的，是为了验证构建的模型是否可以独立于临床，作为独立的预后因子，那么首先需要准别独立预后分析的输入文件 1、独立预后分析输入文件准备  这个分析我们需要把各个样本的风险值和临床做比较，所有需要整理一个表格，包含这些数据：样本代号、生存时间、生存状态、风险值、其他临床如年龄、性别、分级、分期、T、N、M分期，需要这样一个表格，需要用到临床数据和风险值的数据，然后根据病人ID，把两份数据合并在一起，做后续分析。 在整理临床的时候，因为分析用到的和提取出来的格式有些不同，所以需要整理 首先找到是否有unknow的，需要把这些样本删掉，比如age里面有unknow的行删掉 性别，男性male改成1，female改成0 字段grade，G1改成1，G2改成2，G3改成3 字段stage，stageI改成1，stageII改成2，stageIII改成3，stageIV改成4 字段T，T1改成1，T2改成2，T3改成3，T4改成4 字段M，M0改成0，M1改成1，MX一般是删除 字段N，N0改成0，N1改成1，N2改成2，N3改成3，NX一般删掉 然后用生信自学网专利脚本：TCPA14.preIndep.pl  就可以得到独立预后分析的输入文件 2、独立预后分析 单因素独立预后分析 把临床性状和风险值一个一个输入，和生存时间生存状态进行比较，分析这些因素是否和生存相关，结果中有pvalue，HR和HR CI95%，如果某个因素pvalue<0.05，说明该因素和生存的相关性是显著的，当然这里最主要的是风险值这个因素的结果，如果风险值得到的p值小于0.05，是比较理想的结果。  多因素独立预后分析 将临床性状和风险值，一起输入，和生存时间生存状态进行比较，多因素独立预后分析考虑了因素之间的影响，得到的结果，如果riskScore的p值小于0.05，说明我们的风险值可以作为独立的预后因子。  输入文件：indepInput.txt，之前准备好的数据文件 R包：install.packages('survival') 函数：coxph() 然后分别绘制森林图 单因素独立预后分析森林图  多因素独立预后分析森林图  生信自学网精品课程推荐： 《TCGA蛋白质数据库TCPA挖掘》 《TCGA数据库m6A套路挖掘》 《TCGA单基因文章套路挖掘》 《中药复方网络药理学联合GEO芯片》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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