生信绘图pheatmap热图R软件色条控制小技巧
时间:2020-02-05 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| 介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 R包：#install.packages("pheatmap") 调用R包：library(pheatmap) 使用的是R软件的pheatmap包，先生成随机数据： set.seed(100) data1<-c(runif(20,min=-2,max=2),rnorm(380,2,2)) data1<-matrix(sample(data1,400,replace = F),nrow=20) data1如下：  查看数据范围： range(data1)  使用上面的矩阵做热图，要求低值为蓝色，高值为红色，中间值为白色： library(pheatmap) pheatmap(data1, scale = "none", color = colorRampPalette(colors = c("blue","white","red"))(100) ) 结果如下：  数据data1的数值范围是-4到8.6，所以上图的色条范围也是-4到8.6。但由于0的位置比较特殊，现在要求0的位置为白色，并且色条范围为-9到9，这里使用breaks参数重新定义色条范围并根据break范围划分颜色范围，代码如下：  #breaks bk <- c(seq(-9,-0.1,by=0.01),seq(0,9,by=0.01)) #做热图： pheatmap(data1, scale = "none", color = c(colorRampPalette(colors = c("blue","white"))(length(bk)/2),colorRampPalette(colors = c("white","red"))(length(bk)/2)), legend_breaks=seq(-8,8,2), breaks=bk) 结果如下：  精品课程推荐： 《中药复方网络药理学联合GEO》 《TCGA单基因挖掘套路》 《GEO单细胞测序分析》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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