daunorubicin分子和CHEK1蛋白的分子对接生信分析
时间:2020-07-11 来源:生信自学网 作者:刘鑫
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
daunorubicin 分子和CHEK1 蛋白的分子对接1、准备daunorubicin分子和CHEK1蛋白在药物分子数据库中找到daunorubicin分子 通过ChemBioDraw画出它的二维图  再用ChemBio3D转化成三维图保存到text文件夹中命名为Daun.mol2   打开网页https://www.rcsb.org/#Category-search搜索受体蛋白CHEK1下载到text目录，即2hog.cif文件。  用PyMOL打开2hog.cif,点击action-->remove waters给受体蛋白去水，将去水后的蛋白以pdb格式保存至text文件夹中，命名为chek.pdb。   2、蛋白与分子的处理用AutoDock打开chek蛋白，点击Edit->Hydrogens->Add进行加氢，之后点击Grid->Macromolecule->Choose,在弹出的对话框中选中chek，点击Select Molecule,它就会对蛋白分子进行处理，合并非极性氢，之后会弹出保存对话框，将它的pdbqt文件保存至text文件夹中。 在此之前我们可以先设置AutoDock的工作路径，将text文件夹的路径复制，在AutoDock中点击File->Preferences->Set,将路径粘贴至Startup Directory中，点击Set按钮就行了。  接着删除chek蛋白，打开Daun配体分子，点击Ligand->TorsionTree->ChooseTorsion打开弹窗，可以看到该配体分子有9个可旋转的键，因此我们可以使用半柔性对接，如果超过32个，就需要使用刚性对接。  关闭弹窗，点击Ligand->Output->Save as PDBQT保存至text文件夹中。  3、寻找活性口袋将chek.pdbqt和Daun.pdbqt都用AutoDuck打开 接着点击Grid->Grid Box打开Grid Box，设置搜寻空间，鼠标右键点击Spacing  设置好之后，点击File->Close Saving Current,接着点击Gird->Output->Save GPF保存为格点参数文件，命名为dock.pdf.  精品课程推荐： 《泛癌多基因-基因家族文章套路》 《泛癌单基因文章套路》 《中药复方网络药理学》 《WGCNA四分文章套路》 《RNA结合蛋白RBP文章套路》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
|