TCGA改版下载STAR-Counts之后如何merge
时间:2022-04-03 来源:未知 作者:乐伟
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TCGA改版下载页面没有PFKM选项，下载STAR-Counts之后如何使用新版merge.pl进行提取 STAR – Counts添加到Cart之后，可以看到数目，这里TCGA-PRAD显示的Files（553），Cases（497），  进入Cart之后，选择下载两个文件一个压缩包，Metadata文件（用来合并）、Manifest文件（用来无法下载压缩包，用gdc工具下载）、Cart压缩包（也就是每个样本一个文件的压缩包），下载好之后，把压缩包解压。   可以看到一个样本一个文件夹，按照之前我们的操作是moveFiles.pl（把文件合并到一个文件夹）、merge.pl（合并矩阵）两步操作，现在用tcga2022新版的merge.pl（需要请联系进行更新或者付费购买，微信客服：18520221056）  然后进入cmd终端，把merge.pl、解压好的553个文件夹、还有下载好Metadata文件放在一个文件夹里面，在cmd终端进入该工作目录，输入命令perl merge.pl metadata.cart.2022-04-03.json  等待运行，接下来会看到normal count:52 tumor count:501，对比改版前数据还是有一点点变化，之前是52 vs 499，当然在实际操作中，如果已经开始做分析，数据是之前下载的，那么在写作中把自己的数据下载时间写清楚，以免浪费太多时间。  运行之后就得到我们经常用到的symbol.txt，那么改版数据提取工作完成，接下来照着课程学习其他内容。  推荐学习最新的课程《肿瘤单基因文章套路（免疫组化+免疫治疗+药物敏感性）》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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